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技術(shù)綜述 +關(guān)注 已有1人關(guān)注
介紹測(cè)序技術(shù)背景,最新進(jìn)展,應(yīng)用方向。
  • 測(cè)試

    Wujun12-28來(lái)自測(cè)試 0 950
 Illumina MiSeq
 

二、生物信息分析

1. 原始數(shù)據(jù)整理、過(guò)濾及質(zhì)量評(píng)估

2. Survey 分析 (基因組大小估計(jì))

3. 基因組拼裝與分析:
序列拼裝
♦ 拼裝統(tǒng)計(jì)(N20N50、N90、總拼接長(zhǎng)度、最長(zhǎng)拼接長(zhǎng)度、GC含量、總序列數(shù)量、>1 kb序列數(shù)量、N數(shù)量、N比例、測(cè)序深度等)
測(cè)序深度分布圖
基因組圈圖繪制(僅適用于完成圖)

4. 功能元件分析

5. 蛋白編碼基因功能注釋:
♦序列比對(duì) (數(shù)據(jù)庫(kù):refseq)
♦GO注釋 (數(shù)據(jù)庫(kù):refseq)
♦COG注釋 (數(shù)據(jù)庫(kù):eggNOG)
♦KEGG注釋(KAAS,BBH)

比較基因組學(xué)分析:
♦基因家族分析(共有基因,特有基因分析)
♦共線性
♦基于 16s rDNA或 18s rDNA的進(jìn)化分析

三、結(jié)果展示

 
 

 

 
四、樣品要求
 
1、細(xì)菌:Miseq DNA PE文庫(kù)濃度≥20 ng/ μl,總量≥6 μg(熒光定量);Miseq DNA MP文庫(kù)濃度≥40 ng/ μl,總量≥12 μg(熒光定量);454 DNA庫(kù)濃度≥20 ng/ μl,總量≥3 μg(熒光定量)。電泳檢測(cè)無(wú)明顯RNA條帶,基因組條帶清晰、完整,主帶應(yīng)在100 kb以上,DNA無(wú)降解,無(wú)污染提供菌粉>1 g,菌液>5 ml,盡量提供較多量,不同的物種DNA提取產(chǎn)量有差異。

2、真菌:Miseq DNA PE 文庫(kù)濃度≥20 ng/ μl,總量≥6 μg(熒光定量);Miseq DNA MP 文庫(kù)濃度≥40 ng/ μl,總量≥12 μg(熒光定量);454 DNA庫(kù)濃度≥20 ng/ μl,總量≥3 μg(熒光定量)。提供組織樣品應(yīng)>1 g,盡量提供較多量,不同的物種DNA提取產(chǎn)量有差異。

3、樣品保存期間切忌反復(fù)凍融。 

4、送樣管務(wù)必標(biāo)清樣品編號(hào),管口使用Parafilm 膜密封。

5、提供DNA電泳檢測(cè)照片,用自封袋密封后隨樣品一起送樣。

五、派森諾優(yōu)勢(shì)

1.平臺(tái)優(yōu)勢(shì):擁有ABI 3730 XL、Roche 454 FLX+、Illumina Miseq和Illumina HiSeq2000高通量測(cè)序平臺(tái),多種平臺(tái)聯(lián)合應(yīng)用,優(yōu)勢(shì)互補(bǔ),滿足客戶不同需求。

2.技術(shù)團(tuán)隊(duì):擁有經(jīng)驗(yàn)豐富的技術(shù)人員,專業(yè)的生物信息團(tuán)隊(duì)和大型計(jì)算機(jī)服務(wù)系統(tǒng),可提供個(gè)性化生物信息分析服務(wù)。

3.項(xiàng)目周期:個(gè)人型測(cè)序平臺(tái),無(wú)需長(zhǎng)時(shí)間湊樣上機(jī),極大縮短項(xiàng)目周期。

4.免費(fèi)服務(wù):免費(fèi)方案設(shè)計(jì)、免費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)分析、免費(fèi)論文潤(rùn)色。

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